22XX年。日本はとてつもない速さで時代を歩んでいった。未来の生活や技術が充実した最先端の技術国になっていた。外国からも観光客がこれまで以上に多く、世界中から注目させていた。しかし、その技術国は最悪の事態に巻き込まれる。日本から世界中に提供される千葉県の国際サーバーのベータテストで未知の事故が起きてしまった。なんとサーバーから可視化できるウイルスが生成され、流出してしまったのだ。それもサーバーだけにとどまらず、人間の現実世界にも出現し、市民やあらゆる都市を攻撃した。警察や自衛隊は鎮圧に向かうも、全て失敗に終わり、国全体の滅亡も時間の問題だ。あらゆる都道府県が攻撃されていったが、まだ攻撃されていない所があった。「ネオ・トーキョー」。昔からの日本の首都である東京の一部地区を刺す呼び名である。そこの大都市に1人寂しそうに座っている人がいた。「ソフィア・ナナ」。16歳の若者だ。彼女の両親は家のタワーマンションがウイルスによるミサイル攻撃でマンションが根元から倒壊。ナナは一命を取り留めたが両親は死亡。1人孤独な日々を家なしで過ごしていた。だが毎日寂しい日々を過ごしていた突然、侵略してきたウイルスに鉢会わせる。彼女は呆然した。「え…もう終わりじゃん…私…」死を覚悟したナナは攻撃を受けた…と思いきや、ウイルスは倒されていた。そこに謎の男性が現れる。ナナは言った。「私を助けてくれて…ありがとう…あなたは…一体…？」男性は言った。「私はレイダー。本名じゃなく、自分の好きで命名したコードネームなんだけどね。最近起きた千葉のサーバー事故で流出したウイルスを駆除してて…ちょうど君の近くにウイルスがいたから助けたのだぜ。」「レイダーさん…？ちょっと恥ずかしそうな感じがしてるけど…どうしたの…？」 「ん？あぁ、…ちょっと君に提案したいことがあってね…ちゃんと言えるのか緊張してただけさ！」 「提案…？それは一体…？」 「実は…ウイルスが流出して数時間後に国が国際都市警備組織TSSCというのが結成されたのさ。僕が所属してる組織だぜ。どういうスカウトかは…腕の良さそうな若者だが…詳し事は上層部しか分からないのさ…それで…君をスカウトしようかな…て思って…」 「スカウト…!?!?え…私なんか…あんまり…」 「まぁまぁ…そう言うなって…！ほら自信を持って…！ついてきな、支部まで案内してやるよ！」 「あっ…はい…！」 ナナはレイダーという若者に続き、支部まで来た。「ここが…」 「そう…ここがTSSCネオ・トーキョー支部だ！でっかいビルが並ぶだろう！あっ、ちなみにTSSCはトップシークレットサポートシティの略。いわゆる支える都市の組織だ。」 「そうなんだね…にしてもここは雨が多い…」 「ここの地区は雨がとても降りやすいことで有名なんだ。特にオフィスや射撃場など様座な所にガラスが張られてるんだけど…雨の中の大都市…幻想的なんだ…！どうだ？ウイルスを退治するために僕らと一緒にやってみないか？自信がなくとも全力で支援するぜ！」 「…やってみる…私、ウイルスの影響で家族を失ったもん…」「!?!?なんと…!?君…そんな悲しい事が…グッ…泣けてくるぜ…」「私は家族を失った…ここに入って戦いたいけど…やっぱり入ってからまた自信を無くすのかな…」「大丈夫だ！そんな辛い過去を持っていれば、ウイルスなんかも怖くないぜ！」「…レイダーさん…励ましてくれてありがとう…私…頑張ってみる…」「ところで君…名前を聞いてなかったな…名前を教えてくれるか？コードネームも決めてやるよ！」「ソフィア・ナナです…16歳です…あっ…16歳のこと言っちゃった…」「なぁに、16歳がなんだ、一番の若者、大歓迎だぜ！ナナか…よし、君のコードネームはナナ、これでどうだ？」「ナナ…いいかも…そう呼んでくれる…？」「もちろんさ！フルネームでもコードネームでも呼んであげるぜ！」「ありがとう…」「これからもよろしくな、頑張っていこうぜ！」「うん…よろしくね…」 レイダーという人物に助けられ、TSSCの一員になったナナ。ネオ・トーキョーから…いや、日本から…世界からウイルスは退治できるのか…