故郷のコッパイ星が人口増加によって食料危機に陥り問題解決のために様々な惑星に探査機を飛ばして唯一食料資源の条件が合った未開の惑星PNF-404に派遣された3人のエキスパート。 宇宙船ドレイク号に乗り込みワープ機能によってコッパイ星から27億9千光年離れたPNF-404に到達し着陸態勢に入った途端にドレイク号は制御不能に陥り墜落し3人はバラバラになってしまう。 運良く生き残った3人はその星で出会ったピクミン達の力と何故か惑星中に散らばっていた探索メモの力を借りて原生生物を倒しながら食料となる果実を集めるとともに、惑星のどこかに落としたドレイク号のワープに必要なワープ・ドライブ・キーを拾ったと思われる探索メモの持ち主を探す冒険が始まった。